Si decise di costruirne una nuova, trasferendovi il titolo con i diritti e i possedimenti collegati, ma conservando il vecchio luogo di culto per il cimitero e la dottrina cristiana delle donne. Per far fronte ai costi si utilizzò come materiale costruttivo le strutture dell’antichissima chiesa di San Zenone.
A coordinare la raccolta dei fondi fu don Giuseppe Peli (1653-1702), nominato parroco nella prima fase della realizzazione della fabbrica la cui direzione dei lavori fu affidata ad Antonio e Bartolomeo Spazi. Posta la prima pietra il 25 aprile 1682, la chiesa venne consacrata il 17 settembre 1692.
La costruzione comportò alcune modifiche: la facciata fu decorata da un portale di inizio XVIII secolo con la statua di San Giovanni Battista, opera di Antonio Callegari; il frontespizio venne concluso nel 1724 e restaurato nel 1898. Tra il 1932 e il 1938 la chiesa fu ampliata su progetto di Giovanni Zani, con l’aggiunta del transetto, del presbiterio e dei cornicioni.
L’altare maggiore, il tabernacolo e le balaustre, distinti da marmi policromi, sono stati realizzati nel 1748 da Alessandro Bonbastone e Vincenzo Baronsino.
Ad ornare la sacra mensa dell’abside vi è una pala raffigurante la Sacra famiglia con san Giovannino e i santi Vitale e Antonio da Padova, opera di Sante Cattaneo; dello stesso autore sono L’imposizione del nome del Battista e San Luigi, dipinti collocati rispettivamente a destra e a sinistra del transetto.
Nella navata sono collocate dodici tele ad olio raffiguranti gli Apostoli, dipinte da Angelo Paglia nel 1714, e in controfacciata l’olio su tela con la Decollazione del Battista di Giacomo Ferraboschi.
Nella chiesa vi sono quattro altari laterali: a sinistra si trova la mensa sacra dedicata ai Santi Filippo Neri e Francesco di Sales, la cui pala descrive la loro visione dell’Immacolata, opera di Sante Cattaneo (1808); la seconda è intitolata al Crocifisso, decorata da statue in stucco, quali gli evangelisti Marco e Luca e tre angeli reggenti i simboli della Passione. A destra si colloca l’altare sotto il titolo di Sant’Anna con la pala della Madonna col Bambino tra i santi Gioacchino, Anna e l’Angelo custode di Giacomo Ferraboschi (1687), a cui segue quello dedicato alla Madonna e a San Vitale, con l’urna settecentesca contenente le reliquie del martire, e ornato dai tredici misteri del Rosario.
